La Misión del Hospital San Agustín es «Proveer atención en salud a los usuarios de la Comuna de Florida, con enfoque integral centrado en la familia, de manera equitativa, optimizando los recursos disponibles para desarrollar actividades de calidad en promoción, prevención y recuperación de la salud a través del trabajo en red y la participación ciudadana; además de ser un establecimiento asistencial docente cumpliendo una labor fundamental en la formación de profesionales y técnicos en Salud».
La Visión del Hospital San Agustín es «Ser reconocidos como líderes innovadores dentro de la red asistencial como un hospital con enfoque comunitario, que brinde atención de calidad y logre dar satisfacción al usuario, su familia y su entorno, impactando significativamente en los indicadores de salud de la comuna de Florida».